南方医院皮肤性病科为广东省临床重点专科，国家卫生部相关专科医师培训基地，科室现有总面积3000多平方米，门诊展开平面约1000平方米，年门诊量11万人次，多次被评为院校先进科室，是华南地区综合实力处于领先地位的皮肤性病科之一。 南方医院皮肤性病科许多医师都在相关领域从业多年，临床、科教经验丰富，其中更有国家“十二五”教材《皮肤病学与性病学》的副主编坐诊。科主任曾抗从事皮肤病性病工作30余年，2015年当选为广东省医学会皮肤性病学分会主任委员，在性病防治方面的突出贡献为研究出尖锐湿疣的复发机制并提出了诊疗方法，先后多次获得省、市、军-队的医疗成果奖项。另一位于娜莎教授则擅长梅毒的诊断与治疗，尤其是新生儿梅毒、孕妇梅毒、梅毒血清固定的诊断与长期随访观察等；在有关梅毒的诊断与治疗，特别是胎传梅毒的治疗处于华南领先地位。值得一提的是，南方医院皮肤性病科的光动力技术开展较早，治疗病人数量和疗效在全国名列前茅，是中国光动力研究治疗中心成员单位，于2016年受邀在法国举办的国际光动力学术会议作了大会介绍，软硬件上均有较强实力。 由于南方医院建成较久，其科室面积较小，环境略显陈旧，加上患者人流量较大，皮肤性病科就诊环境稍差，有局促、嘈杂的感觉，一些治疗室甚至是由铝板搭建而成，在保护患者私密性上可能表现较差。 南方医院泌尿科相对来说名气和综合实力不算突出，不过其学术带头人郑少斌教授在省级的泌尿协会中担任主任委员，在相关领域较有权威。环境设备方面，该院泌尿科拥有独立的门诊、病房，以及位于惠侨楼的高级病区，加上在国外重金购置的各类检查、手术仪器，其泌尿科室临床诊疗水平在本地三甲医院排名中拥有一席之地。